10月中旬，全台籠罩著濃濃的秋意，在南國的小琉球，太陽卻還是一樣熱情， 珊瑚礁體檢人員分別在小琉球肚仔坪、漁福港外及厚石群礁三處拉開5米及10米穿越線展開調查。除了肚仔坪及漁福港5米處活珊瑚覆蓋率表現較差，約15-21%，地形以岩石為主，珊瑚多呈分散少有連續。漁福港深處及厚石群礁皆有40-50%，屬「普通」至「優良」程度。
這是台灣環境資訊協會辦理「2012年台灣珊瑚礁總體檢」的最後一站。志工發現，指標性魚類只見三兩成對的蝴蝶魚及肚仔坪10米處發現一隻大體型裸胸鯙外，其他指標性魚種皆無紀錄，顯示過漁的現象值得大家注意。
指標性無脊椎動物方面，以魔鬼海膽為優勢，在三處皆發現體型較大的硨磲貝，厚石群礁10米處紀錄到約30-40公分大小硨磲貝，是今年全台各調查點記錄到的硨磲貝體型之冠，吸引大家注意，而漁福港10米處則發現龍蝦蹤跡，族群密度約0.25隻/100㎡。
雖然指標性物種的表現不甚理想，但在潛點附近卻意外發現幾隻大體型海龜，讓志工們驚呼連連。
近來，有島上民宿業者自發組成「海洋志工隊」，定期潛入海中清除海中廢棄漁網及垃圾，海底的垃圾有比往年減少很多。珊瑚礁志工也效法這樣的淨海活動，在回程時順手撿拾垃圾與漁網，落實環境保護的正確概念。