「南水北調」工程比三峽工程還浩大，既要築壩蓄水，還要拓寬河道，因此對文物造成的浩劫比三峽工程大。大陸考古及文物保護界指出，中線工程施工期間，文物搶救不到1/3。另外東線工程的「京杭大運河」沿線的無數歷史遺址也遭嚴重破壞。
中線工程中，最珍貴的文物為列入世界文化遺產的武當山「遇真宮」道教景觀，如果不加高或遷移他處，有500多年歷史的宮殿屆時將被淹沒。至今水利部尚未決定如何保護這一世界文化遺產。另外丹江口四周古墓數以萬計，其價值遠超三峽庫區。但由於規畫、經費等原因，目前庫區文物保護工作完成不到任務量的1/3。
在東線工程方面，幹渠將有一部分需要利用京杭運河的古河道。在拓寬河道時，無數遺址及古建築遭到破壞、拆除。東線工程開始不久，已經有多處遺址遭到破壞。在拓寬河道時古建築已遭到野蠻拆除。