受颱風米克拉外圍環流與西南氣流影響，台灣西半部25日開始陸續出現極端降雨，高屏地區更達超大豪雨等級，雙北、新竹及南台灣多處積淹水與邊坡塌方，部分縣市也在26日宣布緊急停班停課，截至目前共造成3人死亡，1人失蹤。行政院長卓榮泰宣布，經濟部已開設災害應變小組並提升至一級，全力投入防汛抽水與災後搶修。
據統計，屏東地區三天的降雨量居全台之冠，累積雨量956毫米僅次於莫拉克風災。造成當地嚴重災情，多處民宅淹水，農田、魚塭和畜牧場都受到影響，部分地區的淹水深度一度及腰。
全台各地豪雨造成交通延誤 目前已釀3死1失蹤
此外，新北市新店區也有社區因強降雨，導致邊坡崩落等狀況。屏東地區多處民宅淹水，農田、魚塭和畜牧場都受到影響，部分地區的淹水深度一度及腰。
強勁的雨勢演變成致災性洪流，導致機車騎士被洪流沖倒，或行人無法步行等狀況，也威脅民眾的生命安全。據媒體報導，截至27日，這波強降雨累計造成3人死亡、1人失蹤，死亡名單包括新竹竹北1名女性、新竹新豐鄉1名男性，以及高雄杉林區的1名女性。
鋒面、西南風影響全台有雨 南高屏降雨量「紫爆」
根據氣象署觀測，25日雨勢最明顯出現在高屏、台北東側地區，其中高屏地區出現3小時雨量達200毫米以上的短延時大豪雨，統計全日最大累積雨量，屏東九如25日累積雨量達667毫米、高雄美濃455.5毫米、台北內湖全日則有301.5毫米。
臉書粉專「台灣颱風論壇｜天氣特急」發文統計，25日至27日累積雨量，以屏東竹田956毫米居冠，僅次於莫拉克風災，屏東平原地區普遍亦達600毫米以上，台南、高雄平原及內陸地區也有400到500毫米，雨量都相當驚人。
氣象署表示，台北氣象站6月累積雨量超過800毫米，很可能創下歷史最高紀錄。但6月還未結束、觀測值須經確認校正，可能要等7月初才能確定。
中央氣象署氣象預報中心資深預報員趙竑26日說明，由於台灣26日處在鋒面前緣，再加上米克拉颱風北上，受到西南風環境影響，較旺盛的對流「籠罩整個台灣」，各地都有明顯雨勢。其實南北的降雨成因不盡相同，前氣象局（今氣象署）局長鄭明典在臉書上分析補充，南部的雨帶是西南風的迎風面雨，所以雨區比較持續；北部的雨帶來自颱風外圍環流和西南風輻合，變化相對較快。
花蓮萬里溪堰塞湖暫無溢流風險 林保署將持續觀察
花蓮縣萬里溪上游於21日新形成一處堰塞湖，受到豪雨影響，農業部林業及自然保育署27日中午12時發布紅色警戒，強制撤離下游警戒範圍鳳林鎮森榮里、長橋里、山興里等，以及萬榮鄉萬榮村、明利村等聚落約200人。
林保署28日透過直升機進行空中勘查發現，堰塞湖蓄水量237.11萬立方公尺、約達總庫容56%，經中央災害應變中心決議調整為黃色警戒。但林保署指出，堰塞湖蓄水量低於預期，入流量與實際雨量不相符，懷疑壩體已出現滲流，可能引發管湧現象破壞壩體，10天內仍有潰決風險，仍要密切觀察降雨及水位變化。