國民黨籍立委李紀珠29日指出，根據台灣高鐵公司委託報告顯示，針對苗栗10個路段進行地盤鑽探，在土壤承受力的「標準貫入試驗」（SPT）部分，苗栗109公里附近的承受力僅達到數值2，根據評量標準，至少要50以上才合乎「極緊密」的高鐵車軌要求，數值在4以下都屬於「極鬆散」，也就是用手可將13公厘鋼筋輕易插入土內；這個路段由於填土不當，坍陷情況頻傳，通車後將嚴重影響軌道平整。
除苗栗段，李紀珠表示，新竹湖口段也有嚴重下陷，從軌道里程64.14公尺開始沈陷，至64.154公里達沈陷最低點，相差14毫米，之後逐步回升，在64.18公里達到高點，相當於30公尺內的高低落差高達21毫米，比工程標準值的14毫米，還要嚴重，日本機電承包商已要求改善。
面對立委追問，高鐵局長吳福祥一頭霧水，表示沒看過這份報告，不過已完成的土木竣工監察以工程品質查核，都沒有發現類似問題，隨即當場打電話問台高，才知道真有報告，這時交通部長郭瑤琪已是一臉鐵青，立委也群起痛批交通部嚴重失職。