立法院內政委員會26日初審《溼地法草案》時，有立委質疑，行政院版草案規定政府可「廢止」溼地的條文規定，與保育精神不符，內政部長李鴻源則表示，法律完整性有必要，可將廢止的權力限制在中央，並明定廢止條件，最後決定由行政部門與立委溝通後再繼續討論。
由於行政院版草案規定，政府可辦理溼地的評定、變更、廢止與公告等，但「廢止」字樣引起立委不滿不符保育精神，認為溼地就算受到破壞，也應盡力復育，而非一開始就談廢止。
李鴻源說，法律訂定應有完整性，如果外界擔心地方政府為了開發而隨議廢止溼地，可將權限交給中央政府，並明訂相關廢止條件。
李鴻源表示，溼地在進行開發與利用時，開搖發與利用者有義務進行生態補償，補償的土地不得在申請開發利用，開發者也應負起生態補償土地長期經營管理的責任，以達溼地面積及生態功能零淨損的目標。