自從農部宣佈開放基改苜蓿商業生產後，爭議如燎火般延燒，批判該決定不考慮長遠的後遺症。許多農業專家都認為農部花言巧辯不會污染，實際上基改苜蓿是無法管控，終將污染整個食物鏈。苜蓿在美國是第四大宗農作物，面積高達900萬甲，連路旁溝渠、原野、後院都有長，又是蜂類授粉，因此農部建議的900公尺隔離帶實際上很難預防基改污染。因為基改苜蓿會先污染到野生苜蓿，然後跳過隔離帶間接污染到一般苜蓿。對有機畜產而言，苜蓿是重要的飼料；對北部有機農作而言，苜蓿也是重要的輪作豆類。因此基改苜蓿對有機產業衝擊相當大。當然有機蜂蜜也同樣遭殃。
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