上週簽ＥＣＦＡ的同時，兩岸也簽署了「智慧財產權保護合作協議」，其中涉及品種權協議，但學者認為此協議是「不平等條約」，因為即使台灣品種到對岸註冊，中國仍可繼續種植並販售，對於仿冒台灣水果的現象依然無解，嚴重影響台灣農產品國際市場。台大農藝系教授郭華仁表示，兩岸品種權根據的國際公約版本不同，我國是1991年新版，中國是1978年舊版，中國法規的「農民免責」範圍大，因此中國農民只要不賣種苗就沒事，收穫物仍可上市販售。
舉例來說，我國桃子品種到中國申請並獲保護後，中國農民不僅還可繼續種植，更可出售桃子果實，這樣並不構成侵權，因為農民可以免責，一點不受協議影響。但若中國來台註冊品種，我國農民卻不能種、也不能賣，因為我國品種權範圍涵蓋收穫物。
農委會表示，將透過兩岸品種權工作組會議，建議中國依據新版公約修正法規，也會建議中國將還具品種優勢的鳳梨、印度棗、木瓜、番石榴、芒果及文心蘭等優先納入受理申請。