國家生技研究園區開發計畫引發中央研究院是否破壞生態的爭議，但中研院舊數學所大樓整修工程，最近發現黑冠麻鷺在鄰近樹上築巢孵蛋，決定全面停工，讓鳥媽媽專心孵育小鳥。
發起護鳥行動的中研院植物暨微生物研究所退休研究員陳宗憲說，從今年四月底，在舊數學所附近生態觀察時，發現有嬌客在樹上築巢並下蛋孵育，中研院決定舊數所整修全面停工，讓鳥媽媽專心孵育小鳥。
此外，國家生技研究園區開發計畫被質疑破壞環境生態，立法院教育及文化委員會多位立委昨(17)日赴預定地國防部202兵工廠勘察。民進黨大台南市長提名人賴清德表態要爭取中研院轉移陣地到台南，中研院院長翁啟惠則表示，正在評估到中南部設置分院的可行性。