通天河大橋邊，三江源自然保護區紀念碑上方裂開了兩條細紋。但除此之外，地震並沒有使長江、黃河、瀾滄江三江源頭的自然景觀受到實質性損傷。
中國的環保專家們表示，處于三江源地區中心的玉樹藏族自治州，從植被、生物多樣性及生態係統等指標來看，地震並沒有帶來大面積生態破壞的後果。但在震後重建中，相關規劃一定要重視生態保護。
玉樹州所在的三江源地區，是世界高海拔地區生物多樣性特點最顯著的地區，被譽為高寒生物自然種質資源庫。它不僅具有獨特而典型的高寒生態係統，為中亞高原高寒環境和世界高寒草原的典型代表，也是世界上海拔最高、面積最大、濕地類型最豐富的地區。
青海省計劃用5年時間建設一個新玉樹，確保3年時間完成恢復重建的主要任務，再用2年時間，把玉樹州首府建成高原生態型商貿旅遊城市、三江源地區的中心城市和青藏高原城鄉一體發展的先行地區。