鹿野鄉盧姓農民等人表示，從八八水災過後，就發現溪水一直處於混濁情況，「以前下大雨或颳颱風，最多2、3個星期溪水就會恢復清澈，但這次一直到現在，溪水還是一片混濁」。他們懷疑可能是上游山區土石持續流失，才會導致下游溪水始終無法清澈，擔心卑南溪從此變成小黃河。
第八河川局初步了解後，認為應該不是山區土石持續崩坍的原因，是因部分溪谷在八八風災後嚴重淤積，先前曾施工疏濬，可能受疏濬工程影響，溪水才會再度混濁，近期會派員調查了解情形。
自來水公司第十區管理處則表示，台東民眾的飲用水都取自利嘉溪、大南溪，其中又以利嘉溪為主，並沒有引用卑南溪水，所以卑南溪水混濁也不至於影響日常用水，受影響的可能是灌溉溝渠。