有週刊報導，根據水利署委託中研院針對全國59座水庫所做的水質監測報告，石門水庫水質污染最嚴重。經濟部表示，3年前，石門水庫確實曾經發生過「微囊藻」超標問題，不過，加強改善及監測後，現在已經沒有出現毒素超標的狀況，民眾飲用水安全無虞。
水利署副署長吳約西表示，石門水庫確實曾在96年7月及9月兩次在蓄水表層，檢驗出短時間含微囊藻，但真正蓄水下方的取水口，以及送達自來水公司淨水場，都沒有驗出有毒物質，甚至遠低於世界衛生組織（WHO）所定每公升含1.0微克安全的標準。
水公司也表示，從95年至今對各淨水場的清水檢測結果，自來水中的微囊藻毒值都是低於儀器偵測的極限值(0.16μg/L)以下，顯示經過淨水場處理過後的自來水，確定沒有微囊藻毒。