離島的海水淡化廠，將成為澎湖、金門，及馬祖等地用水的主要供應來源之一，將盡量不再仰賴台灣運水支援。經濟部水利署昨（21）日透露，包括澎湖的馬公烏崁、望安，及馬祖的南竿等地，2010年將有新的海水淡化廠加入營運，藉以擴大當地海水淡化廠的營運規模。
水利署表示，離島地區，因天然水資源缺乏，只能利用天然降雨，經截流儲存在湖庫裡，作為自來水的原始水源，但此水源距離滿足當地的公共給水需求，還有段距離，且離島運水成本頗高，因而墊高離島地區的供水成本。以高雄運水至澎湖為例，每噸約160元；由台中運水至金門，每噸約700元；由基隆運水至馬祖約450元，使得離島的海水淡化廠，可望成為穩定當地民生用水的主力。
為增加馬祖南竿的海水淡化廠供水量，經濟部水利署計畫補助經費，再新增一處南竿海水淡化廠，規畫每日產水量為950噸，最快99年11月正式產水。 而澎湖目前正在興建中的海水淡化廠，包括馬公5,500噸的海水淡化廠，及望安400噸的海水淡化廠整建案，兩案均將趕於民國99年落成。
至於已營運中的大金門2,000噸的海水淡化廠，將規畫功能改善暨擴建機組計畫，希望整廠每日產水量，可提高至4,000噸，該項修正計畫，已陳報行政院審定。