根據初估，88水災後遺症造成曾文水庫淤積量約9千萬立方公尺，南化水庫1千7百萬立方公尺，分別佔去曾文超過六分之一，南化水庫約一成五的蓄水空間，這些淤積量可以分別把烏山頭水庫、白河水庫「填平」。
曾文水庫與南化水庫管理單位已針對問題擬具計劃，水資局南區分局長施慶藏表示，目前先採取應急的高壓水柱沖刷泥沙，還有在上游挖運土泥，中長期方面將以專業的「水利排砂」工程來解決，這部份已報院會審核，預計明年度展開工程，工程期要一年多才完成。
至於南化水庫方面，自來水公司六區處業務課長郭得祿表示，先從水面上的土層清除，以怪手挖運，再來從壩前庫底進行抽沙，最終也得採取水利排砂工程，不過這部份必須經過評估並且建置裝備，還必須報請上級通過才進行。
兩個單位不約而同表示，在這些工程都尚未展開之前，民眾必須先有缺水的心理準備，現在就從日常生活開始，做好節水工作最要緊。