八八水災後，新竹以南久旱不雨，水庫水位大幅下降。竹苗地區已採取夜間減壓供水；台南縣曾文水庫水位降到常規線以下，有些水庫只能撐到明年2月，下月起，中南部民眾要有限水的心理準備。
自來水公司第三區管理處副理張明翰說，竹苗地區採夜間減壓措施是為了減少管線破漏造成的浪費，依目前供水情況，永和山水庫只能撐到明年2月。至於曾文水庫，南區水資源局副局長段勝雄指出，8月莫拉克颱風前，曾文水庫的水位是194.7公尺，現在的水位是207公尺，扣掉庫底淤積，可能比莫拉克颱風前的蓄水量還少。南區水資源局已有最壞打算，不排除12月中旬展開限水措施。
段勝雄說，莫拉克颱風時，多達9000萬立方公尺的土石被沖入曾文水庫，淤積量等於一座烏山頭水庫的蓄水量。在一片缺水聲中，桃園縣石門水庫蓄水量仍在安全標準，在明年春節前，無缺水之虞。供應台南、高雄地區民生用水的南化水庫，也還未出現缺水情況。