莫拉克颱風重創鐵公路，台鐵西幹線對號列車9日只能通到嘉義，南迴部分路段還泡在水裡，鐵路災情是近年來最慘重一次，可能超過2001年的納莉颱風；10日西幹線能否全線恢復正常，台鐵也沒有把握。
台鐵局副局長徐亦南表示，因為高屏地區嚴重淹水，曾文溪橋水位也超過警戒值，9日西部幹線對號列車只能開到嘉義，岡山－高雄間只能機動開區間車，高雄－屏東間所有列車停駛。
南迴線災情更慘重，因為南太麻里溪橋、林邊溪橋淹沒，路基嚴重流失，南迴完全中斷，何時能修復，台鐵截至9日中午仍沒有答案。東部幹線因為鹿野和山里間的鹿野溪潰堤，9日只能開到池上，池上到台東間必須靠公路接駁。徐亦南表示，鐵路損失至少上億元，災情可能比民國90年的納莉颱風還慘重。