中央為解決小金門缺水問題，計畫在當地興建一座950噸的海水淡化廠，金門縣政府則以已運轉5年，「失敗」的大金門海淡廠為例，憂心再繼續搞下去，將增加水廠營運虧損，也加重中央負擔，建議自大陸引進優質水源，才是解決辦法。
行政院計畫以有償BTO方式在小金門興建海淡廠，但自2008年5月迄今已流標4次，始終無人問津，原因出在每噸水處理費（含建設費及操作維護費）的公告底價不得高於54.35元，廠商認為無利可圖，甚至還會賠本，投標意願不高。
縣自來水廠長翁自保表示，大金門的2千噸海淡廠營運5年，每噸海淡水的處理費本本就高達66.87元，若再從以「能源」換「水」的層面來看，生產1噸海淡水需用8度電，而台電在金門每賣一度就要虧損6.67元，必須仰賴中央政府的補貼，則一噸海淡水的實際生產成本高達120.23元。