農委會特有生物研究中心針對外來魚種調查，發現全台51條重要河川，僅宜蘭與花蓮交界的和平溪、屏東縣楓港溪，尚未發現外來魚種，其他河川、水庫、湖泊全面淪陷。
特生中心表示，造成外來魚種進犯全台水域的主因，在民眾任意放生、放養。部分外來魚種幾乎沒有天敵，快速繁殖結果，已造成部分河川、湖泊的原生魚種幾乎消失。和平溪及楓港溪能「倖免於難」，推斷和兩溪水流湍急，且地理環境不利民眾放生有關。
至於已全面淪陷的湖泊、水庫，影響最烈的首推日月潭。助理研究員蔡奇立指出，日月潭外來的玻璃魚，胸腹背有硬刺沒有天敵，已造成原生種奇力魚迅速消失。日月潭區漁會因漁民反映奇力魚源銳減，已影響漁民生計，2005年委託嘉義大學水產生物學系教授賴弘智進行研究，至今仍無有效對策。
屏東牡丹水庫被產自大陸的珍珠石斑全面攻占；曾文水庫也因外來種的魚虎為害，漁獲量減少一半以上，連帶影響當地筏釣等經濟活動。專家調查，曾文水庫原生魚類恐怕僅存三、四成。