西濱快速公路曾文溪橋段工程會接觸曾文溪口國家濕地，引發生態保育界關切，行政院長林全2016年11月6日視察跨溪大橋工程進度時，交通部公路總局在簡報中強調，該橋跨越的濕地非核心區，工程進行時，會邀請學者一同打造兼顧生態、景觀和交通的跨溪大橋。林全由市長賴清德和多名民代陪同，前往安南區青砂街2段曾文溪堤防，視察曾文溪橋工程進度，公路總局局長陳彥伯簡報時表示，曾文溪橋完工後，西濱可接通安南與七股，紓解台17線及173線交通量，但由於曾文溪口濕地是國際級濕地，不敢大意。賴清德說，曾文溪橋完工後，西濱快速道路才真正對台南居民有幫助，也讓西濱快速道路實質上幾乎等同於第3條高速公路。林全指出，能瞭解地方對於西濱快速道路通車，紓解交通的需求，行政院期待跨溪大橋的施作，但也必須避免環境的衝擊，未來在顧及生態的前提下，會加速台南道路工程評估。林全表示，行政院9月30日核定西濱快速公路曾文溪橋段新建工程可行性評估，公路總局接續辦理環差及濕地相關審議程序，除苗栗因濕地生態需要克服環評外，曾文溪橋的施作，等同於第3條高速公路「最後1哩路」。對於賴清德後續道路工程爭取，林全說，非常歡迎地方不斷的提出要求，雖然環境問題需要克服，但地方不斷提出需求，才能讓行政院有挑戰，持續進步。
