高鐵通車，為沿線帶來相當的噪音，陸續有縣市政府環保局針對高鐵噪音開出罰單。嘉義縣環保局長林榮和指出，環保局在沿線一共設置11個噪音監測點。由於高鐵進出太保站時，速度並不快，試營運以來測得的最大音量為75分貝，平均音量在60分貝左右，這些數值，並未超過高鐵先前承諾的音量。
由於噪音法中規定，噪音必需是2分鐘的平均噪音值過大，才可開罰，但因高鐵速度快，根本只要幾秒鐘就會通過，環保局會從嚴處理，但還是要符合法令規定，因此，最多只能以環境影響評估法來開單告發。至於雲林縣以機動監測站方式，測得的最大音量為91分貝，但是雲林縣環保局態度較為保留，暫不開罰。