2006年，新疆自治區環保工作堅持預防為主，防治並重，重點對重要生態功能保護區、重點資源開發區、生態良好地區進行生態治理，全疆生態環境總體惡化的趨勢有所緩解，生態環境保護工作取得新進展。通過加強污染物總量控制、新建專案環評審批和老污染源治理等開展污染防治工作，並為今年環保工作的開展奠定了基礎。
新疆自治區環保局對「環評法」執行情況及環評內容落實情況進行了數次大檢查，對未經環評審批或不嚴格落實「三同時」措施的專案，依法進行了限期整改。同時，加強石油石化和化工類專案環境風險評價的管理，並啟動了重點行業、支柱產業的規劃環評工作，重點檢查了51個各類工業園區，對其中131家企業違反環保規定的問題進行了依法查處。對4個浪費資源、污染嚴重或選址不當的專案，分別提出了不予批准、改進生產工藝、重新選址的意見。在老污染源治理方面，著力推進污染治理專案建設，繼續提高污染處理能力。全年安排環保補助資金1,475萬元，拉動全疆污染治理項目投資42億元。