自1997年以來，先後引水濟澱17次長效補水機制，白洋澱生態環境得到持續性保護。為保障生態環境，白洋澱景區加強污染綜合治理，投入4千多萬元實施河底清淤及主航道毛石護坡工程，投資近億元建成污水處理廠。
加快淘汰燃油機船步伐，累計淘汰燃油機船132艘。採取澱區村建垃圾填埋廠、「三防」（防漏、防滲、防蠅）廁所、垃圾池（箱）等措施，有效解決了澱區居民生活垃圾對環境的污染。為改善濕地環境，白洋澱景區還將澱區分為核心區、緩衝區、實驗區三個區域，分別進行禽鳥保護、科學研究和旅游開發。生態環境的改善，使白洋澱濕地生態功能逐步恢復。
目前這裡的鳥類種類達192種，絕跡多年的白天鵝、東方白鸛等不時出現在蘆葦叢中。魚類資源也從2000年的11科18種恢復到17科34種，一度絕跡的馬口魚、棒花魚等重現白洋澱。地下水水位下降趨勢得到明顯遏制，地下水位比周邊地區高出2.4米。