1998年，生態工程的概念首度傳入台灣，歷經8年時間，生態與工程的結合在行政院公共工程委員會推動下已展現些許成果，2006生態工程國際研討會期間，來自美、日、荷、德、奧等5國的專家學者，實地走訪探勘三處生態工程案例，針對人工溼地、山區崩塌地整治，以及道路工程等議題，提出建議和國外經驗，並與國內工程人員與部會官員進行交流。在8日進行的部會論壇會議中，學者一致認同，國內生態工程的當務之急，是主要計畫（master plan）的訂定與確立，認清問題並在制度面進行法令的訂定，才能從源頭來解決問題。
石門水庫整治為此次研討會重要議題之一，對於石門水庫淤沙以及上游集水區崩塌等問題，學者認為目前為關鍵的時刻。來自美國的國際泥石流委員會主席陳振隆表示，對國內整治艾莉颱風帶來的土石流情形印象深刻，然而他對前一日參訪石門水庫與蘇樂溪整治工程提出意見，認為其中實際採用生態工程的地方不多，而上游集水區多處攔砂壩興建在主河道，是否對生態造成的衝擊和物種的危害，應進行調查監測，他也提出應注意邊坡植生種類的選擇，是否為本土植物，而過度噴灑可能失控，影響本地生物。
奧地利聯邦農業森林環境部副部長Christian Webber也認為攔砂壩的興建應審慎。在安全的考量下而興建攔砂壩，但也需兼顧生態的重要，他認為在石門上游集水區似乎建了過多的攔砂壩。此外，對於高山地區的非法開發和山林砍伐情形，Webber表示應嚴法禁止。
對於石門水庫與集水區的整治，郭純園發現政府許多部門皆介入此項任務，然而最終是由誰負責做決定，應有明確的權責依歸。
公共工程委員會工程管理處副處長李孟諺認同論壇中學者提出的建議與意見，他認為國內生態工程風氣漸起，然而在具體作為與決心上，與國外相比仍有一段距離，未來政府將朝向在制度面與法規上著手，參考國際學者意見，從大尺度的方向考量主要計畫的訂定。他並表示，此次生態工程國際研討會後，將把學者的討論意見納入未來政策執行的考量。