對於剛才完成簽約位於松山菸廠的的大巨蛋，環保團體沒有喜悅，只有遺憾與憂心。荒野保護協會秘書長張宏林形容松山菸廠是台北都市中「最後一塊野生動植物棲息地」，表示站在都市建構的立場，一個好的體育場館確實有必要，但如何兼顧原有的綠地生態原貌，讓這些珍貴的物種得以生存下去，應該更為重要。
台北市文化局表示，體育園區以及大巨蛋本體所影響的老樹，會根據樹木保護委員會的建議，園內約1000多棵樹都必須詳細說明遷移計畫，經委員會審查通過才可著手遷移。文化園區部分，文化局表示，誠品取得的文化園區BOT案，正在辦理第2階段再審核修正資料作業，年底才有結論。原則上園區內的樹木將全數保存，盡量保持原有生態，未來誠品如何改建倉庫，都還在研擬中。