位於曾文溪口的七股潟湖濕地為黑面琵鷺聚集渡冬的主要棲息地，同時也因濕地生態完整，吸引許多候鳥群聚，台南縣政府向中央爭取經費，耗資新台幣5000萬設立「黑面琵鷺管理及研究中心」，由縣府家畜疾病防治所選派1名主任及2名組長進駐，並對外招募志工開始運作。
研究中心內收集許多濕地生態圖片、影片等資料，還有黑面琵鷺標本，台南縣長蘇煥智表示，小學生可以安排實地體驗活動，也歡迎國內外研究團體做為短期進駐研究使用，只要提出研究計劃便可免費使用場地，縣府亦將提供支援服務，希望藉此提高台灣生態保育國際形象。
保育管理中心同時將負起監控附近養殖漁塭水質的責任，除可就近服務漁民之外，也能預防黑面琵鷺集體中毒事件重演。