中國籍漁船非法越界捕魚嚴重，影響台灣海域秩序與漁業資源，監察院針對台灣漁業的調查報告指出，我方曾提議「兩岸漁業資源養護合作協議」納入兩岸兩會協商議題，中方卻質疑漁區劃界的想法，甚至欲將敏感的農業交流合作架構和漁業合作併入討論，致未能達成共識。
監院9月初通過並公布監委劉德勳、陳小紅針對台灣漁業資源相關的調查報告。報告指出，中國籍船舶非法越界捕魚，嚴重影響台灣海域秩序與漁業資源。事實上，兩岸曾就漁區越界問題嘗試解決，陸委會從2010年起多次兩岸兩會高層會議提出簽署「兩岸漁業資源養護合作協議」，但中方皆未有正面回應。
調查報告顯示，直到2014年兩岸兩會第十次高層論壇，陸委會再建議將「兩岸漁業資源養護合作」納入後續協商簽署議題，但中方卻質疑我方討論兩岸漁區「劃界」的想法，改擬提議協商「兩岸農業交流合作架構協議」，漁業合作則併入討論。
報告中提到，對於兩岸漁業資源養護，陸委會表示，礙於漁業資源養護合作協議涉及兩岸漁區「劃界」等國家主權問題，中方又希望漁業合作併入農業合作協議，但「農業合作」涉及台灣農產品品種、農業技術交流等敏感議題，未達成共識。