雲林縣湖山水庫完工後，將嘉義縣梅山鄉、竹崎鄉，阿里山鄉及南投縣竹山鎮等鄉鎮，納入水質水量保護區，恐嚴重限制地方發展和農民的耕作收益，2016年7月1日起，台灣自來水公司湖山淨水廠正式供水，供應雲林縣的民生及工廠用水，最高每日供水量達43.2萬噸，讓位於水源區的南投、嘉義不滿，揚言引發一場中部「搶水大戰」。
經濟部興建湖山水庫，解決雲林地區的供水問題，做為共同水源的南投縣，不僅水源遭截斷，過去習於鑿井及引用山泉水的沿岸各里發現，最近地下水涵養量大減。清水溪生態保育協會理事長吳金保表示，過去里民鑿井10公尺就挖到水源，如今至少要鑿到30公尺才有水，鎮民擔心未來無水可用。
對此，南投縣議員張志銘爭取與清水溪生態保育協會合作，要求水資局應協助清水溪沿線居民免費裝設自來水管，提高自來水裝設率，避免未來缺水之患。
中區水資源局副局長顏詒星指出，桶頭攔河堰以上畫設為水質水量保護區，依法令有編列回饋計畫，至於清水溪則為河川地，會保持一定的生態積流量放水，不會全部截流，維持清水溪生態溼地園區。
張志銘建議，中區水資源局可利用上游到下游明顯的水位高低落差，在中途設置微型水力發電廠，供應本地農產加工、公共用電等需求。
