蘇花改工程處表示，民國101年在宜蘭南澳工地下約2至4公尺深處，挖到年代距今約1100年至1800年歷史的漢本遺址，發現許多墓葬等遺跡後，原本依照環境影響評估的承諾，工地可以不用繼續往下開挖；但相關人員在進行遺址搶救的過程中發現，往下還有更多的遺址文物。
蘇花改工程處說，今年6月，考古人員又在工地下方約6公尺深處，發現到更早期、結構極為完整的二次文化層遺址，其中不但有過去人類的居住與祭祀空間，且在更較陡峭的地形還有階梯狀的擋土結構，並起出陶製動物頭型品、骨製品，還有利用不同石材刻磨而成、至今尚無法確認用途的石器等，產量豐富，皆有相當重要的研究意義在其中。
此外，在祭祀空間也發現到二塊大型的直立石板，周遭還有一些小型直立石板，推測應為主要信仰的象徵意義，或是當時祭祀的主體。一次文化層遺址也陸續有帶骨柄的鐵刀、玻璃手環、青銅刀柄及青銅器等陸續出土，未來將交由中央研究院研究。
至於隨著這些文化層遺址的陸續出土，會不會影響蘇花改通車日程？蘇花改工程處處長邵厚潔坦言，確實會有所影響，但還是會朝既定的目標努力。