近年來由於外來植物「互花米草」入侵高美濕地，對原生植物雲林莞草及灘頭原生物種棲地造成競爭，導致高美濕地生物相遭到破壞，台中市政府農業局與行政院農業委員會林務局過去3年已共同編列經費，並委託台灣野鳥協會進入高美濕地移除，2015年再提報計畫經費88萬元，目前由林務局核定中。
農業局表示，「互花米草」為多年生草本屬禾本科，是國際公認的入侵植物，因具有耐鹽及耐淹的特性，可以適應潮間帶高鹽分環境，具生長快速及不易移除的生物特性，根據經驗，「互花米草」移除以人工拔除、連續割除法的成效較佳，拔除時須將根系移除，並將根系及斷莖掩埋，以避免互花米草藉無性繁殖再度生長擴散，目前保護區移除對策為連續割除法，此法能抑制光合作用產物轉移至根莖，以減少地下擴展範圍，呼籲國內外志工一起加入「互花米草」移除的行列，希望在5年內根除現有族群，恢復保護區內蓬勃的生物多樣性。