台北市政府為了推動北大同文化園區，打算將孔廟的外圍圍牆拆成矮牆讓文史工作者大動肝火甚至揚言，到時候不惜發動民眾以肉身阻擋怪手流血抗爭，而聽說市府要將孔廟圍牆拆除，民眾也覺得很不妥當。
「萬仞宮牆」是孔廟最明顯的地標，但台北市政府為了推動大同文化園區，除了保留這個「萬仞宮牆」牆面，計畫拆除其他外圍圍牆，還有裡面的明倫堂。有文史工作者甚至揚言不惜流血抗爭。不過市府指出，孔廟只有大成殿在1992年指定為三級古蹟，圍牆並不包含在內。前孔廟管理委員也認為，當初建廟經費不足圍牆蓋得草率也不方正，改建矮牆後可以修正。