鄱陽湖是中國第一大淡水湖，也是世界自然基金會劃定的全球重要生態區之一。然而，鄱陽湖第二次科學考察成果陸續公佈，科考人員通過現場調查和多年數據對比發現，鄱陽湖部分湖區已經出現了明顯水華藍藻聚集現象，並呈逐年加重的趨勢。
對比2007年到2011年間的現場調查數據，2013年鄱陽湖藍藻水華分佈區域較前幾年有大範圍增加。鄱陽湖湖泊濕地觀測研究站夏季採樣發現，在都昌、軍山湖、康山湖、撮箕湖、戰備湖等湖區水面均有肉眼可見的大群體藍藻聚集。
未來5年，鄱陽湖的東南湖灣、老爺廟附近湖區、康山大圩、南磯濕地和入湖河口尾閭區等區域還將可能爆發藍藻水華。當總磷濃度達到0.2mg/L，這些湖區所含藍藻生物量將可能與太湖、巢湖等藍藻水華嚴重的湖泊相當。