澎湖馬糞海膽6/1起開放採捕以來，亂象叢生，台灣環境資訊協會早在實施之初就已提出警訊，有問題的禁捕政策，恐將造成馬糞海膽無後；澎湖海洋生物研究中心也建議2015年開放採捕前，應召開專家學者與漁民代表會議，取得自然生態與漁民生計的平衡。
甫解禁的澎湖馬糞海膽，漁民紛紛搶撈，導致產量過多，影響市場價格，批發已出現一顆20元的低價，相同情形2013年也曾發生，由於搶收需要人工剖開取生殖腺，在工人不及採收下，部分離島採收的海膽在港邊堆積如山，被活生生曬死，再推回海中，人為濫捕的情況，已影響生態平衡。
澎湖海洋生物研究中心建議發放採捕證，限制每日採捕數量，並採分區採捕方式，一方面維護生態平衡，另一方面則維護漁民生計。