中部科學園區所屬雲林基地面積達98公頃餘，5月底傳出業者以不能用來做為回填土方的「漿紙汙泥」回填，再將挖出可用的土方運出銷售牟取暴利，雲林地檢署5位檢察官指揮調、警前往台中、彰化、雲林，搜索德昌營造、萬有紙廠，及代處理汙泥的金元利公司、佑彰企業，帶回11人偵訊。
經國科會監督業者開挖，在雲科路中央分隔島一帶，挖出約1500立方公尺漿紙汙泥，雲林地檢署已著手偵辦。中科籌備處也要求廠商將汙泥移除，另購置合格土方回填。據了解，製作紙漿過程所產生的「漿紙汙泥」，經檢測若未含重金屬等有害物質，可認定為一般事業廢棄物，可作保溫、防火建材等，但不能作為回填土方。