南投清境農場的周邊、過度開發，引發爭議。南投縣政府打算訂出新的管理計畫，準備進行「政策環評」。2日的公聽會上，南投縣政府坦承，清境的民宿有8成都有違建，而環評委員則認為、應該減量，不該讓違建、就地合法。
縣政府目前打算新訂「清境風景特定區計畫」好好管理，認為現況不宜擴大規模，避免重蹈廬山溫泉覆轍。
南投縣政府提出的清境風景特定區計畫，坦承當地水資源不夠，沒有汙水處理設備廢水直接排，交通擁擠停車空間也不夠，打算推動環境復育基金來補償環境敏感地，但環評委員最關切的，還是當地環境負荷，認為違建該拆就拆，現在有這麼多旅館民宿，不代表環境就能承載這麼多。