荷苞嶼區域大排水幹線是朴子溪重要支流之一，由於近年監測水質不理想，為減少上游汙染物，經行政院環保署補助，在焚化廠旁一塊台糖空地興建為人工濕地，不但改善水質，並且闢建為兼具景觀功能的生態保育園區。這塊人工濕地，每日處理荷苞嶼大排引入淨化的水量達3000公噸，對去除氨氮及懸浮固體等污染物有極佳效果，更在各池遍植睡蓮等水生植物，以加強淨化水質功能。
水面的睡蓮等許多水生植物，近日紛紛從水面消失，經邀請專家調查，確定凶手應為俗稱「鮐仔」的一種台灣原生種鯽魚。環保局決定由承包商放水撈捕後重新植栽，以恢復功能。