恆春南灣海域優勢種腎形珊瑚，疑因病菌感染，出現前所未有的大規模白化，碰巧珍珠颱風過境，又是珊瑚產卵期，除了強浪衝擊，海底廢棄物遍布、泥沙覆蓋等，都使珊瑚生態面臨嚴重威脅。海生館企研組研究員段文宏說，近年來台灣海域環境惡化，珊瑚白化幾乎已成常態，等到7、8月酷暑，白化現象將達到高峰。
2006年珊瑚白化提前在4月底發生，規模更甚於往年白化高峰期，他憂心指出，珊瑚遭病菌感染，分為白斑病及黑斑病2大類，但檢體化驗結果，腎形珊瑚可能感染罕見病菌，致共生藻離開，無法行光合作用，國內沒有這方面的專家，如何因應，令人堪慮。