在2009年10月中國農業部給3個基因轉殖作物品種頒發安全證書之後，當時相關官員曾表示，在未來三至五年內中國將實現基改作物商業化。從現在來看，預測太樂觀，中國基因轉殖商業化現已遭到質疑，除了對可能引發食品、生態安全之外，專家也指出，目前在基改糧食作物的研究、推廣、監管乃至後期企業運作等方面，明顯不成熟。
與基因轉殖品種同時遭受強烈質疑的還有農業部對基因轉殖市場的管理。近年來，民間團體綠色和平多次召開記者會，聲稱發現中國多地有基因轉殖水稻非法種植、非法銷售現象，但農業部一直採取迴避的態度。
近期來自農業部內部人士最新的說法是，前述農業部內部人士表示，決策層對基因轉殖主糧商業化推進極為慎重，在「十二五」乃至更長的時間內，基因轉殖糧食技術僅在研究的層面上推進，而不存在商業化推廣的可能