明年七月起，正式開徵水污染防治費。根據環保署 規劃，每用一度自來水開徵二點二元的水污染防治費。如果以四口之家每月用 水量三十度估計，一個月繳交水污染防治費六十六元。
阮國棟強調，徵收所得的水污染防治費將全面投入污水下水道建設，預計民國98年國內污水下水道普及率達到40%，並減少河川污染量25%，改善1400萬人的飲用水水源。
根據環保署的規劃，污染水源的項目相當多，初期只針對化學需氧量徵收， 費率將考慮土地、污染防治設備及處理等防治成本以每一污染當量（50公斤 化學需氧量）790元計算，估計每年可向工廠徵收11億至41億元， 向畜牧業徵收4.4億至21億元，向家庭徵收34億至47億元間， 合計一年徵收之水污費在50億至110億元之間。
為了增加改善誘因，凡是徵收對象排放之廢水水質介於放流水標準70%至50%者，費率得減半；水質在放流水標準50%以下者，費率得減免70%；水質化學需氧量在10毫克／公升以下，費率得減免80%； 使用合併式建築物化糞池者，費率得減半。