國防部規劃將愛國者飛彈基地建設在核能二廠附近，行政院原子能委員會十五日指出，原子能法並沒有規範飛彈基地不能設在核能設施附近，依法原委會不能反對。至於飛彈基地是否會危及核能安全？官員表示，若敵軍以飛彈攻擊台灣，應不致以核能電廠為目標，因為此舉會引起國際共憤。
原委會官員指出，至目前為止，原委會都沒有接獲國防部將在核二廠附近設置飛彈基地的相關訊息，但據了解，國防部飛彈基地設置地點距離核二廠有二點七公里，在原子能法規範的二點五公里低人口密度區禁建範圍之外。
官員表示，現行原子能法對低人口密度區的禁建限制是採列舉式，規定低密度區得供居民居住，但各級政府及及公司團體，不得在該區內規劃或設置新社區、工廠及學校。新修訂的原子能法草案雖增列不得建設導致大量人口聚集的設施，但預定設置的飛彈基地已在二點五公里以外，超過原子能法能規範的範圍。
官員同時指出，核能電廠是民生用途，兩國發生戰端應不致會攻擊核能電廠。敵人真得要大開殺戒，只要投一顆原子彈即能達到殺戮目的，不必大費周章將目標對準核能電廠。而且，此舉會對全球環境造成影響，也會引起國際間的共憤，除非飛彈偏離航道，否則核電廠被飛彈攻擊的可能性極低。