據環保署100年對全台363個自來水供水系統進行的水質抽驗，除雲林縣元長鄉第二淨水場100年7月被檢出砷含量每公升0.0119毫克，較「飲用水水質標準」所訂的上限值0.01毫克超出1成9，綠島、金門、連江三地也各有淨水場在100年5月及10月間，被驗出致癌物三鹵甲烷超標6%到1成3，雲林北港第二淨水場也被驗出含砷量0.0075毫克，雖未超標，但也接近飲用水限量標準。
環保署毒物管理處長林建輝說明，雲林淨水場砷超標原因可能是當地工業廢水排放或地下水本來就含砷。至於三鹵甲烷是因水質不好，淨水場加氯消毒過多所致。他強調，超標淨水場會給予期限改善，如屆期不改善將勒令停止供水。
綠色陣線協會執行長吳東傑強調，偏遠地區水源取得不易，水源也容易添加人工化學物質，如果淨水場水源地不乾淨，環保署應該要求他們另闢地方取水。