東日本大地震後的瓦礫清理費目前估算至少高達1萬億日圓，遠高於1995年的阪神大地震，原因在於必須清洗瓦礫中海嘯所帶來的鹽分，以及檢查是否有核事故的放射性物質殘留。
據統計，阪神大地震瓦礫處理費總額約為3246億日圓，而單單僅是岩手及宮城2縣的瓦礫處理費，就遠超過阪神大地震時的費用，而瓦礫上可能附著放射性物質的福島縣，則尚未進行估算。
據日本環境省估計，東北3縣將產生總計約2272萬噸的垃圾。日本中央政府及地方政府計劃花3年時間完成瓦礫處理工作，但由於現場工作量巨大且經費有限，進度可能延遲。
廢墟瓦礫將先被運往臨時堆放點，分揀出可進行再利用的瓦礫後，再進行清洗和加工。由於311地震後發生了核事故，放射性物質檢查工作也不可或缺。再者，由於地震所波及範圍較廣，垃圾運輸費也相對較高。