耗資4,700億元興建，營運僅4年的高鐵，還沒替高鐵公司賺到錢，就因地層下陷危及安全。為了挽救，祭出分階段封井、建築物限重等方案，只是這些措施看在專家學者眼裡，根本緩不濟急。台大地質系教授陳宏宇直言：「以這種慢吞吞的腳步，不用10年，高鐵6年就玩完了！」
今年3月，高鐵公司花費3百多萬元更換高鐵雲林段跨台78線的橋墩墊片，調整地層下陷造成的角度改變，8月又將開始進行梁柱碳纖維補強措施。這些工程其實都在高鐵的計畫內，只不過原訂的實施日期是在民國109年，而非現在，地層下陷的嚴重程度可想而知。
當年興建時，高鐵籌備處（現高鐵局）在選線時，考量到彰化、雲林沿海養殖漁業發達，業者長期超抽地下水，因此刻意避開大城、台西、口湖等鄉鎮，轉往較內陸的溪州、土庫，以為可以減少地層下陷對高鐵的影響，但沒料到的是，最大沉陷點居然逐年往東，朝高鐵沿線移動，其中以雲林縣的元長及土庫最為嚴重，每年的下陷深度高達7、8公分。