明、後年立委、總統選舉將至，為解決選舉支票兌現壓力，馬政府最近端出「原住民族自治法草案」，明定只要連署預定自治區域範圍內半數以上原住民，會同區域內的鄉（鎮、市、區）公所聯合發起成立自治籌備團體，自治計畫獲中央審查核定，即可成立具縣（市）規格的自治區政府。
草案並規定，自治區議會由自治區民選舉產生，但若該民族傳統社會組織文化，有相襲的領袖制度，可以由民族傳統領袖推選產生，但比例不得超過總員額1/4。
依行政院設計，自治區政府、議會與縣（市）政府、議會相仿，任期都是4年，但自治區政府不會參與直轄市、縣（市）統籌分配稅款分配，收入來源以一般稅課、規費、財產、工程受益費...等收入為主，當基本設施及維持費不足，由中央政府補助款補足。
據原民會評估，若部分族群透過合併，全台可能成立5個自治區，估計一年中央補助經費支出200多億元。