距離規劃的完成時間只剩下半年，但在重點流域治理的進度表中，還有86個列入規劃的治污項目紙上談兵。三峽庫區及其上游、滇池、遼河流域規划治污項目進展較慢，項目完成率低於50%。
近期，環保部會同國家發改委等6個部門對淮河、海河、遼河、松花江、三峽庫區及其上游、黃河中上游、太湖、巢湖、滇池等重點流域22個省、自治區、直轄市的水污染防治進展進行考核，結果顯示，有八成斷面水質監測達標，但規劃的治理項目只有六成完成。
環保部有關負責人說，除了部分治污項目進展緩慢外，重點流域水污染防治還存在「三湖」流域水質斷面氮燐污染依然嚴重，總體水質沒有明顯改善；城市污水處理廠運行管理水平亟須提高等問題。