平埔族告馬政府迫害案，於5月6日被聯合國人權事務最高專員辦公室正式受理，創下台灣自1971年退出聯合國後，聯國受理台灣訴案首例。據了解，受理該案的特別調查報告專員詹姆斯‧安奈亞透過管道表達，將來台調查此案，但因太過敏感，表示一切必須「cautious approach（謹慎接觸）」。
此次受案的人權事務最高專員辦公室，是聯合國管轄全球人權事務的最高單位，相當於安理會層次。總統府曾指示原民會宜詳加溝通，將事實釐清。原民會主委孫大川證實，官方曾試圖與安奈亞聯絡，但安奈亞尚未給官方正式答覆。
此期間不斷與安奈亞辦公室聯繫的台灣平埔族促進會理事長潘紀揚說，因官方此次為被告的「迫害」角色，聯合國進行調查時通常會先聽民間組織的聲音，因此對官方的回復較為保守。不過，潘紀揚也指出，特別調查報告專員通常不會只聽一方說法，一定會聽兩邊意見。
孫大川表示，「我們已經準備好了。」平埔族頭目們6月3日也於埔里舉行閉門會議，商討聯合國來台時應對事宜。