朴子溪東石大橋沿線2、3公里河道，27日被民眾發現布滿死魚和布袋蓮，發出陣陣難聞惡臭，環保局前往勘查發現大小魚屍死亡超過3天以上。
23日梅雨過後，有民眾發現東石大橋河段河水呈暗紅色，25日又發現溪內漂浮大片布袋蓮及零星魚屍，但環保局前往取樣檢測水質並未發現異常，沒想到26日大批魚屍就陸續浮出，數量多達上千條。環保局再度偕同家畜疾病防治所人員前往會勘，發現魚群死亡綿延到上游起碼2、3公里遠，部分河段還因布袋蓮量太多，船筏根本過不去；從現場飄散惡臭判斷，布袋蓮下可能隱藏著為數不少的魚屍。
28日環保局趕緊雇工前往打撈，花了一天時間約撈起6、70公斤魚屍，水汙染防治科長劉明全表示，目前無法判斷魚群大量死亡的真正原因，推測可能是八八風災後平地幾乎沒下過雨，所以梅雨當天當大量泥沙一次從上游沖涮下來，魚群不堪環境丕變才暴斃。 不過劉明全也不排除上游工廠利用山區大雨，水位暴漲時偷偷排放廢酸液，但因相隔太久，且26日水質抽驗沒有問題，現環保局也無法判定是不是工廠廢水汙染肇禍。
