2009年莫拉克風災重創曾文水庫集水區，且帶來大量土石導致淤積嚴重，經濟部水利署南區水資源局已提早完成清除至淤積面標高173公尺處，暫時解除供水危機。水利署責成南水局配合2010年4月20日立法院三讀通過「曾文、南化、烏山頭水庫治理及穩定南部地區供水特別條例」，辦理曾文水庫更新改善2010年至2015年規劃，短期則積極推動清淤疏濬及漂流木打撈工程，以因應可能來臨的颱風暴雨。
為減少土石進入曾文水庫，南水局持續趕辦庫區及集水區主河道疏濬工作，目前規劃草蘭溪、山美段上游、達邦橋及大埔壩4處地點辦理清淤，計畫清淤數量40萬立方公尺，截至5月24日已清淤土方41萬立方公尺。
水利署表示，後續將全力配合穩定南部地區供水特別條例，辦理曾文水庫集水區保育治理、水庫設施更新改善及淤積處理、調度及備援系統提升、新水源開發等相關規劃、設計及施工，預計在104年各項目如期完成後，曾文水庫可望扛起穩定南部地區供水重任。