醫療廢棄物具有毒性及感染性，衛生署明令應審慎處理，不能隨意棄置，署立台南醫院卻任意將含針頭在內的生物醫療廢棄物堆置在露天停車場，經民眾檢舉，10日被台南市環保局發現當場告發重罰卅萬元，並要求立即改善。
市環保局長張皇珍強調，生物醫療廢棄物屬有害事業廢棄物，應依「事業廢棄物貯存清除處理方法及設施標準」的規定，與其他廢棄物分類貯存，並以不易穿透的堅固容器密封盛裝外，貯存設施也應具有防止人員或動物擅自闖入的安全設備，更應有防止地面水、雨水及地下水流入的設備。
台南醫院發言人黃英哲則解釋，八八水災過後，病患人數增加，導致院內的醫療廢棄物也暴增。由於部分院內員工沒有依照規定流程，將生物醫療廢棄物置於太空包內，導致負責清理的外包清潔公司拒收，才會暫時擺放在停車場，等日後較不忙時，再依流程分類處理。