八八水災收容所及災區的公共防疫問題層出不窮，尤其是傳染病的群聚感染、環衛、食物與飲水污染。此外，災民也湧現大量急性壓力反應，如寢食難安、惡夢連連，未來需要心理輔導。
上週赴六龜災區提供醫療服務的台北榮總急診主治醫師高偉峰表示，一半以上災民求診是因為清理家園腳破皮而感染蜂窩性組織炎。疾管局副局長林頂說，此次醫護防疫最擔心的是破傷風疫情，尤其是林邊、佳冬災區淹水，又有死魚、蝦混雜，進駐國軍弟兄都已施打破傷風針，災民若有外傷傷口，也會注射破傷風針。
此外，感冒的人也不少。高縣災區各收容中心約有八十餘人感冒，屏縣萬丹鄉灣內、後村等水患區，也陸續有二十多位災民高燒不退，屏東縣衛生局22日派員入村採取檢體，雖然未從高燒患者身上發現類似新流感症狀，仍呼籲民眾提高警覺。
台北馬偕醫院急診科醫師林峰認為，政府應儘快安置災民至組合屋，才能避免發生群聚感染，同時正常供水，讓民眾做好基本的洗手防疫。