台灣大學於8月20日舉行「莫拉克風災後災區疫情防治與受災者生活重建」公共論壇，由於莫拉克颱風為台灣帶來嚴重災情，這次水災所造成的災害特質，與過去921地震的災害相比，範圍更為的分散遼闊，相關公共衛生的疫病防治工作，就顯得額外重要。
台大醫院急診醫學部醫師石富元表示，水災受災災區的水源，受到排泄物等物質的污染後，就容易對災民產生腸胃道疾病、皮膚病和登革熱等疫病，需要特別注意。台大醫院感染控制中心主任陳宜君也呼籲災民，當水退整理居家環境時，不但要戴手套、穿膠鞋和戴口罩，不要接觸污水，以及清除盛水容器的積水之外，還必須要儘量保持乾燥，避免潮濕發霉，引發黴菌感染。
台大社工系教授馮燕則建議在各地分散的災民收容中心，應該要依照區域，由非營利組織統整在各區編組組成區域工作團隊，為災民進行生活重建的服務。