和平島水資源中心處理污水是採二級處理，也就是去除污水中大部分可沈降物或懸浮固體後的污水，再以活性污泥法、滴濾池、厭氧生物法等生物性處理方式，去除耗氧物質（有機物），水已相當清澈，無臭無味。
不過二級處理後的水還含有氨、氮、磷等重金屬，和平島水資源中心溼地布置各種大大小小的砂礫，有淨化水質效果，可濾去部分金屬物質，但還不能飲用，可以澆花、洗車、沖廁等。
水利署與市府工務處研議，初步同意補助6000萬元，將處理過的水再導回附近的海大、二信中學、正濱國中及海事職校，供學校再利用，已完成初步勘查，管線將附掛在新建的和平島聯外橋樑上，預估要兩年才能完成。